Medici Katalin régenssége idején azonban a vallási természetû problémát súlyosbította a politikai életben mind nagyobb szerepet játszó különbözõ irányzatok fel­lépése. A gyenge királyi hatalomnak még a legkedvezõbb idõkben is nehézséget okozott volna, ha egyes alattvalói túl nagy befolyásra tesznek szert.

Mindehhez a valláshá­borúk és a vallási türelmetlenség fellépése társult.  Az 1598-ig tartó sorozatos vallásháborúk pártharcokká ala­kultak a különösen Kelet-Franciaoszágban erõs ultra­katolikus Guise család, a középsõ országrészre támasz­kodó protestáns Morttmorency-klán és a délnyugati területeket uraló hugenotta Navarrai Henrik (a késõbbi IV. Henrik) között.

{mosimage} 

A helyzetet tovább nehezítette, hogy a küzdelembe a hugenották oldalán Anglia, a katoliku­sok oldalán pedig Spanyolország is beavatkozott. A tényleges harc mértéke valójában meglehetõsen korlátozott volt, de a politikai és katonai bizonytalan­ság szétzüllesztette a gazdaságot. Idõvel elõtérbe ke­rült egy olyan katolikus álláspont, mely szerint a tár­sadalmi és politikai összhang visszaállítása érdeké­ben lehet némi engedményt tenni a hugenottáknal. Ennek a kompromisszumnak köszönhetõen tudta IV. Henrik közelebb hozni egymáshoz a pártokat.

A 17. századi ellenreformáció újabb nehézséget je­lentett a hugenották számára, még mielõtt 1685-hén ­XIV. Lajos hivatalosan is betiltotta a protestantiz­must Franciaországban. A francia protestantizmust csak az 1789-ben kirobbant forradalom elõestéjén kezdték újra elismerni. (Bárdosi-Karakai: A francia nyelv lexikona)